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La identificación de bacterias en microbiología clínica se ha basado, y se sigue basando, en la taxonomía clásica y tradicional de sus caracteres fenotípicos como morfología, aspecto en los medios de cultivo, propiedades fisiológicas, propiedades bioquímicas, degradación de macromoléculas, tipos de enzimas respiratorias, necesidades nutricionales, características quimiotaxonómicas, inhibición por diversas sustancias y reacción frente anticuerpos. Para su puesta en evidencia se utilizan técnicas sencillas como la microscopia en fresco o previa tinción, cultivos y diferentes procedimientos más complejos, algunos de ellos automatizados. El futuro de la microbiología aplicada a la identificación de las bacterias causantes de las infecciones humanas va encaminado hacia la conservación de los datos clínicos como base de todo el proceso, mantener la microscopia, cultivos y pruebas sencillas, es decir, conservar lo bueno clásico, pero incorporando los nuevos conocimientos tecnológicos, y desarrollar líneas de diagnóstico rápido. Los microbiólogos, y también los clínicos, deben anticiparse a los cambios que supone conservar lo tradicional y aplicar las nuevas tecnologías.