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En el castillo, Harker es recibido por el misterioso e imponente Conde Drácula y finaliza la transacción de la propiedad. Sin embargo, Harker se daría cuenta que se encuentra prisionero por su anfitrión, que se revela como un vampiro. Harker también tiene un encuentro peligroso con las tres seductoras y hermosas hijas de Drácula, cuyos planes hacia él solo son frustrados por la intervención del Conde.[1]
Más tarde, lograría escapar, y huye a un convento. Tiene una crisis nerviosa al llegar al convento como resultado de su encuentro con Drácula; su prometida, Mina Murray, lo atiende en su convalecencia con la ayuda de las monjas y posteriormente se casa con él. Regresarían a Inglaterra, donde Harker reconocería a Drácula en Londres.
Después de descubrir que Drácula mató a Lucy, se une a Van Helsing, Seward, Holmwood y Morris. Sus habilidades resultan ser de gran utilidad para recopilar información y para hacer un seguimiento de guaridas en Londres de Drácula a través de los documentos que encuentran en su primer escondite. Promete destruir a Drácula y de ser posible, enviar "su alma para siempre jamás a quemar al infierno" aunque sea a costa de la propia alma.
Cuando se enfrenta con la maldición de Mina, sin embargo, no sabe cómo reaccionar; Mina pide a los demás en el grupo matarla si es necesario. Mientras que Harker dice que lo haría, en la intimidad de su diario dice que si es necesario, se convertiría en un vampiro por su amor a ella. Sin embargo, Harker logra evitarlo cuando Van Helsing y los demás logran destruir a Drácula.
En el clímax del libro, él abre el ataúd de Drácula antes del atardecer y corta la garganta de Dracula con un cuchillo kukri mientras Quincey Morris lo apuñala en el corazón con un cuchillo Bowie.
En las notas finales de la novela, se revela que han pasado siete años y que él y Mina tienen un hijo a quien llaman Quincey. Resalta el hecho de que el cumpleaños de Quincey Harker es el día en el que Quincey Morris murió combatiendo a Drácula. Jonathan Harker visita finalmente el castillo de Drácula junto con su esposa, su hijo y sus amigos supervivientes para recordar su aventura. Regresa a casa con su esposa y su hijo y le dice Van Helsing que un día su hijo sabrá toda la historia.
Una cosa interesante a destacar es la orientación religiosa de Harker. Él, como los demás personajes principales, se considera un cristiano determinado a servir a Jesús destruyendo al demoníaco Drácula, sin embargo, a diferencia del devoto Van Helsing, no es católico. En el libro, se describe a sí mismo como un "clérigo inglés", es decir, un miembro de la Iglesia de Inglaterra, un anglicano. En principio está renuente a aceptar que una anciana le de su crucifijo cuando dice que va a ir al castillo de Drácula. (El detalle de que se mencionen "perlas", hace pensar que de hecho puede ser un rosario.) Él considera que esas cosas son de idolatría, lo que parece confirmar el hecho de que es un anglicano. Sin embargo, cuando está atrapado en el castillo de Drácula y es protegido por el poder de la Cruz, aparentemente cambia sus creencias.