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Los pinguinos de Humboldt pelean por la comida con otras especies marinas como los lobos marinos, quienes son su principal rival a la hora de cazar.
Tiene múltiples amenazas, entre las que se encuentran su enredo en redes de pesca artesanal, su captura y comercio ilegal para su consumo y mantenimiento como mascotas, la pérdida de hábitat, las actividades mineras, la perturbación humana, la depredación de animales introducidos en su hábitat como perros, gatos y ratas y la pesca comercial que disminuye la abundancia de sus presas.
Hay una alta tasa de mortalidad de los huevos, que se pierden debido a la depredación y a su rotura accidental o a causa de tormentas.
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