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Explicación:Para sus trabajos científicos siempre contó con el apoyo de su hermano menor Carlos, y para financiarlos solo disponía de los escasos fondos obtenidos de su librería situada en la ciudad de La Plata. Fue también maestro de escuela y llegó a ser director del Colegio Municipal de Mercedes, en la provincia de Buenos Aires. Fue profesor de zoología en la Universidad Nacional de Córdoba.
En 1886, Francisco P. Moreno lo nombró vicedirector y secretario del Museo de La Plata, asignándole la sección de Paleontología, que Ameghino enriqueció con su propia colección (que vendió al estado provincial). Pero fue poco el tiempo en que estos dos científicos trabajaron juntos.
Finalmente fue director del Museo Nacional de Buenos Aires.
Como autodidacta, estudió los terrenos de la Pampa, coleccionando numerosos fósiles, en los que se basó para hacer numerosas investigaciones de geología y paleontología. También investigó el hombre cuaternario en el yacimiento arqueológico de Chelles.
Falleció en La Plata, a la edad de 57 años, el 6 de agosto de 1911, enfermo de diabetes y también por resistirse a una intervención quirúrgica. Sus restos se ubican en el Cementerio de La Plata.