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La Biorregión afrotropical alberga varias familias de plantas endémicas. En Madagascar y las islas del Índico se encuentran diez familias endémicas de plantas con flores: ocho son endémicas de Madagascar (Asteropeiaceae, Didymelaceae, Didiereaceae, Kaliphoraceae, Melanophyllaceae, Physenaceae, Sarcolaenaceae ySphaerosepalaceae), una de las Seychelles (Mesdusagynaceae), y una de las Mascareñas (Psiloxylaceae). Doce familias son endémicas o casi endémicas de Sudáfrica (incluyendo Curtisiaceae, Heteropyxidaceae, Penaeaceae, Psiloxylaceae y Rhynchocalycaceae) de las que cinco son endémicas de la región florística de El Cabo (entre ellas, Grubbiaceae). También son endémicas de la ecozona Barbeyaceae, Montiniaceae, Myrothamnaceae y Oliniaceae, entre otras.
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