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Una de las funciones del sistema nervioso es participar en la regulación de la homeostasis. Se considera que casi todo el cerebro esta involucrado en esta tarea. Sin embargo, las neuronas que, tradicionalmente, se han visto más involucradas con esta tarea se consideran concentradas en el hipotálamo.
En esta función el hipotálamo trabaja coordinadamente con estructuras del sistema límbico, del sistema endocrino y del sistema nervioso autónomo. A través de estos dos últimos sistemas se considera que el hipotálamo participa directamente en la regulación de la homeostasis.
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