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Se dividen en cinco grupos: Unicelulares, Pleurocapsaleanos, Oscilatorias, Nostocaleanos y Ramificadas. Las cianobacterias tienen solo una forma de clorofila, clorofila a, y todas poseen también pigmentos biliproteicos, las ficobilinas, que funcionan como pigmentos accesorios de la fotosíntesis.
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