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La embriología muestra el evidente parecido, en los estadios más tempranos, entre embriones pertenecientes a diferentes grupos emparentados. Por ejemplo todos los embriones de vertebrados muestran un gran parecido entre sí en las primeras etapas de su desarrollo.
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Anatomía. Las especies comparten características físicas porque dichas características estaban presentes en un ancestro común (estructuras homólogas).
Biología molecular. El ADN y el código genético reflejan la ascendencia compartida de la vida. La comparación de las secuencias de ADN puede mostrar qué tan emparentadas están las especies.
Biogeografía. La distribución global de los organismos y las características únicas de las especies isleñas reflejan la evolución y el cambio geológico.
Fósiles. Los fósiles documentan la existencia de especies pasadas, extintas actualmente, pero emparentadas con las especies que vemos hoy en día.
Observación directa. Podemos observar la evolución directamente a pequeña escala en los organismos con ciclos de vida cortos (como los insectos resistentes a pesticidas).
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