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Tras la progresiva retirada de las glaciaciones, se incrementaron los pastizales y las diversas poblaciones indígenas fueron concentrándose empujadas por el proceso de desertización del Sáhara. Existían diversas culturas indígenas identificables por sus diferentes utensilios, objetos cerámicos y ritos funerarios.
El período neolítico, que comenzó en Canaán hacia el 9.000 a. C., llegó a Egipto sobre el año 5.000 a. C. Las crecidas del río Nilo como consecuencia de las lluvias en sus fuentes y las torrenteras de arcilla procedentes de Etiopía dieron lugar a ricas y fértiles tierras de limo.
Se conviene que hacia el 4.000 - 3.500 a. C. existió una unificación del territorio a través de las previas comunidades locales, los nomos: el Bajo Egipto, cuyas principales ciudades eran Buto y Sais, y el Alto Egipto, con capital en Hieracómpolis, adoptando como principal divinidad a Horus. Conquistado el delta del Nilo hacia el 3.000 a. C., Menes, procedente de Tinis, será considerado por los epígonos de Manetón el fundador de la primera dinastía faraónica.