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La mayoría de las enfermedades protistas son causadas por protozoos. Los protozoos hacen que los humanos se enfermen cuando se vuelven parásitos de humanos. El protozoo Trypanosoma causa la enfermedad de Chagas y la enfermedad del sueño. El protozoo Giardia causa giardiasis y el protozoo Plasmodium causa malaria.
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