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El flujo de energía es la acción por el cual se transforma la energía y es adquirida por otro organismo. Por ejemplo, una planta adquiere energía solar, al ser consumida por un consumidor entonces la energía se transforma y pasa a otro organismo vivo. Ahora, el flujo de nutrientes es la capacidad de transportar materia, por ejemplo, existen ciclos biogeoquímicos que transportan nutrientes.
La diferencia es que la energía es una cualidad no observable mientras que los nutrientes son materia que pasa de un organismo a otro.
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