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También presenta adaptaciones a la vida en el mar. Una de las más peculiares es la de la faringe (de diámetro muy variable según los grupos) la cual está atravesada por la laringe. Esta posición determina una independencia entre las vías respiratorias y digestivas de tal manera que los cetáceos pueden deglutir aunque estén sumergidos, sin que el agua pase nunca a las vías respiratorias.
El estómago es pluriloculado. Por lo general encontramos un estómago anterior que carece de glándulas digestivas (en realidad no es más que una dilatación del último tramo del esófago); un estómago medio, más pequeño, con paredes plisadas y glándulas digestivas, y por último un estómago pilórico, replegado en "U", que comunica con el intestino. El intestino es largo y uniforme con una dilatación (ampolla del duodeno) próxima al estómago, en la que desembocan el canal colédoco procedente del hígado y el pancreático. En los Odontocetos no existe un colon diferenciado, mientras que en los Misticetos es muy clara la diferencia entre el intestitno delgado y el grueso.