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Luego sería el virrey Andrés Hurtado de Mendoza quien, entre 1550 y 1556, emprendería las gestiones para conseguir la salida de Sayri Tupac de su refugio. Mendoza formó una comisión integrada por Juan de Betanzos (casado con Angelina Yupanqui, hija de Huayna Cápac), el mestizo Juan Sierra (hijo del conquistador Mancio Sierra de Leguízamo y de dona Beatriz Mango), Juan Bautista Muñoz, corregidor del Cuzco, y el dominico fray Melchor de los Reyes.
La comisión no pudo entrar a Vilcabamba vía el río Apurímac, terminando por entrar cruzando el puente Chuquichaca. Según el cronista Diego Fernández el Palentino, Sayri Tupac desconfiaba de la comisión, por lo que envió por delante a dos de sus capitanes para arreglar las condiciones de su salida y traslado a Lima. Los enviados recibieron en la capital el mejor de los tratos y fueron alojados en las casas de las familias más pudientes. Por su intermedio, el virrey ofreció a Sayri Tupac mil castellanos de renta para él y sus hijos con una encomienda en el valle de Yucay, más un solar encima de la fortaleza del Cuzco “para construir su casa”. Retornó Juan Sierra con los capitanes a Vilcabamba y tuvo conocimiento de que Sayri Tupac había recibido la borla, es decir había asumido plenamente los poderes, retirándose Atoq Supa. Una vez aceptado el ofrecimiento del virrey, Sayry Tupac salió de Vilcabamba aclarando que no lo hacía por temor sino porque sus “guacas” se lo habían ordenado. En julio de 1557 dejó para siempre el reducto de Vilcabamba, siendo conducido en andas junto con su esposa Cusí Huarcay, acompañado de un séquito de trescientas personas. El 5 de enero del siguiente año hizo su ingreso a la ciudad de Lima, siendo recibido por el marqués de Cañete y objeto de muchas atenciones, incluyendo juegos de cañas en su honor.