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Los incas de Vilcabamba fueron los cuatro monarcas sucesores de Atahualpa, legítimos herederos de Huayna Cápac, que se enfrentaron al desmantelamiento del Imperio inca por parte de los conquistadores españoles y sus indígenas aliados andinos, que formaron la resistencia de la élite cuzqueña gobernando sobre un reducido, pero influyente estado incaico llamado muchas veces Imperio Neoinca de Vilcabamba entre 1537 y 1572 —un territorio con poder efectivo que correspondía aproximadamente al del actual departamento peruano del Cuzco al este de la ciudad de Cuzco, que luego del asedio de Cuzco pasó a estar controlada por los conquistadores españoles— y que en algunos casos establecieron negociaciones con las primeras autoridades españolas del Perú.
Luego de ser ejecutado Atahualpa en Cajamarca, Perú, representantes de varias naciones andinas se(cogieron) reunieron con los conquistadores españoles y su líder Francisco Pizarro para ofrecerles su alianza contra el Imperio Inca. Así, rebeldes cañaris (de los territorios del sur del actual Ecuador), chachapoyas (de la sierra nororiental peruana) y la Confederación Huanca (de la sierra central peruana), reafirmaron su independencia de los incas, a quienes ya se habían enfrentado por su libertad en diferentes revueltas en el pasado. Es más, estas naciones estaban especialmente enfrentadas al bando de Atahualpa por las atrocidades que habría cometido contra sus poblaciones durante la guerra civil inca, según las crónicas de la conquista del Perú.
A esta situación de levantamiento general se sumaba la presencia de tres ejércitos incas del bando de Atahualpa repartidos en diferentes regiones del imperio. Estos estaban dirigidos por los generales Rumiñahui, Calcuchímac y Quizquiz y no eran populares entre las poblaciones andinas. La situación política de los Andes en ese momento era inusualmente complicada y hasta hoy difícil de desentrañar pero claramente explosiva.
El objetivo de los conquistadores españoles era claro: llegar a Cusco para apoderarse de las ingentes riquezas que ahí había según todas sus fuentes de información. Pero en Cusco estaban Quizquiz y sus fuerzas y no podían llegar solos. huancas, cañaris y Chachapoyas les dieron su apoyo, pero necesitaban legitimidad.
Fue por eso que los españoles se vieron en la necesidad de mantener la institución imperial inca para "ordenar" la situación que habían creado y legitimar su presencia en los Andes Centrales (todos los cronistas hablan de la sensación de miedo de los conquistadores en ese momento). Así nombraron como Sapa Inca provisorio a un hermano de Atahualpa, el joven Toparpa pero éste murió envenenado por Chalcuchímac poco tiempo después durante la marcha que Pizarro, sus hombres y sus nuevos aliados andinos (chachapoyas, huancas y cañaris, principalmente) emprendieron desde Cajamarca a Cusco.