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Cuando los médicos se introducían en los aposentos del alma para escudriñar el funcionamiento del cerebro y los secretos de las enfermedades mentales, los teólogos se inquietaban y vigilaban con severidad los movimientos de los intrusos. También eran sospechosos aquellos que pretendían, en sus arranques místicos, abandonar la morada del alma, como Juan de la Cruz, que escapaba durante la noche oscura estando ya su casa sosegada. Los médicos, al contrario, solían entrar a la casa en plena zozobra anímica. El doctor Huarte de San Juan, con su Examen de ingenios para las ciencias de 1575, fue uno de esos médicos que se metió en la casa del alma en su afán por descubrir las causas materiales del comportamiento espiritual de los hombres. Su extraordinario libro no pasó inadvertido por la Inquisición, que obligó a Huarte a expurgar considerablemente el texto de la edición de 1594. La teología, sin embargo, se benefició enormemente de las aportaciones paganas que explicaban el funcionamiento del cuerpo: la medicina hipocrático-galénica estableció una explicación —un paradigma, diría T. S. Kuhn— que permaneció esencialmente inmutable durante más de dos milenios en muy diversos espacios culturales y religiosos. Ello no quiere decir que no hubiese importantes discusiones y discrepancias entre los médicos, los teólogos y los interesados en la filosofía natural. No obstante, la teoría hipocrática proporcionó una resistente red de significados e interpretaciones, con un corpus bien establecido por Galeno, que permitió la comunicación entre médicos griegos, latinos, persas, germanos, italianos, franceses, españoles e ingleses, independientemente de las enormes distancias temporales, religiosas y culturales que los separaban. Ese corpus científico, en cierta forma, operó como un sofisticado aparato de traducción que permitía la comunicación entre médicos y otros pensadores, como astrónomos o teólogos, e incluso entre cirujanos y boticarios y sus enfermos, que reconocían en las prácticas médicas una correspondencia lógica con las experiencias cotidianas.