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La Fuerza Aérea del Perú, que desde la década del 60 y parte de la del 80 del siglo XX, había llegado a ser considerada como una de las más poderosas de Hispanoamérica, se hallaba, en 1995, en una situación crítica. Al momento de estallar el conflicto, de más de 100 aparatos de combate que tenía en inventario, sólo se hallaban operativos: tres Mirage 2000, siete Sukhoi 22, cuatro Canberras, ocho A-37B y cinco helicópteros artillados Mi-25; los Mirage 2000, que venían a ser los aviones más modernos de la FAP, no contaban con misiles aire-aire de corto y de mediano alcance. Los sistemas de radar sólo tenían una operatividad del orden de menos del 45 %, y los sistemas antiaéreos, del 20 %.40
Por el lado ecuatoriano, después del Conflicto del Falso Paquisha en 1981, se inicia una serie de compras y modernizaciones de sus sistemas aéreos y terrestres; entre los más importantes está la compra de aviones Kfir C2, y las modernizaciones de sus Mirage F1. Se puede afirmar que, para inicios de 1995, la Fuerza Aérea del Ecuador era una de las mejores equipadas de la región, contando con un arsenal de 12 Mirage F.1JAs, 10 Kfir C.2s, 10 Jaguars MK.1 y 10 A-37B. Según el ex-mandatario ecuatoriano Sixto Durán Ballén, la clave del éxito de las operaciones militares en la Cuenca del Cenepa se había debido a 14 años de preparaciones militares, como este declararía el 4 de marzo de 1995