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La función de los lisosomas en la célula es ayudarle a digerir tanto sustancias externas a la célula como así también digerir sustancias que ya no precisa desde el interior de la misma. Metabolizan grasas, proteínas y ácidos nucléicos. La digestión interna hace referencia a una parte de la célula que se encuentra dañada o estropeada y es necesario degradarla. Luego son sustituidas por otras células nuevas.
Además, cuando la célula es atacada por bacterias (organismos externos a la célula) los lisosomas actuan como mecanismo de defensa digiriendo dichas bacterias y activando el sistema inmunológico.
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