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Los protozoos se pueden acumular en partes del cuerpo, después de haber penetrado en el cuerpo humano.
Las acumulaciones se llaman cistos. Debido a su naturaleza parasitaria, los protozoos pueden provocar diversas enfermedades.
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Sin embargo, debido a su naturaleza parasitaria, algunos son perjudiciales para el hombre, ya que son patógenos, es decir que causan enfermedades como amibiasis, malaria, mal de Chagas y otras, que en casos extremos pueden derivar en la muerte.
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