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En los periodos normales de una ciencia, el científico suele investigar circunscribiendo su actividad en un área bien definida. Esta concierne al paradigma vigente en su ámbito de conocimiento. El paradigma presenta pues con un conjunto de problemas definidos, junto con unos métodos que se consideran adecuados para consguir los objetivos establecidos. Si el experto culpa al paradigma de no haber logrado resolver algún problema, estará expuesto a las mismas acusaciones que el carpintero que culpa a sus instrumentos. Sin embargo, el corpus doctrinal siempre alberga fallos o anomalías que, a la larga, pueden llegar a tener tal gravedad como para generar una seria crisis en el paradigma vigente. De no poderse resolver, este será finalmente rechazado y reemplazado por otro nuevo que no es compatible con el anterior. La mera existencia de problemas irresolutos en un paradigma, no constituye en si misma una crisis. Kuhn reconoce que los paradigmas siempre encontrarán dificultades a lo largo de su andadura. Siempre se presentan anomalías. Solo bajo condiciones especiales estás últimas pueden conducir a una crisis de credibilidad en sus principios, por parte de la comunidad implicada (los que Lakatos alegaría que afectan al núcleo central de la teoría.
Se considerará que una anomalía es particularmente grave si se juzga que afecta a los propios fundamentos de un paradigma y resiste cualquier intento de resolverla por parte de los miembros de la comunidad científica normal. También se considera que las anomalías son serias si incumben a alguna demanda o necesidad social apremiante. Este podría ser el caso, por ejemplo, de la actual necesidad de disponer de información edafológica con vistas a resolver ciertos problemas ambientales acuciantes para las sociedades modernas industrializadas, bajo un paradigma claramente agronómico-productivista que no lo proporciona debidamente. Sin embargo, personalmente coincido con Kuhn que nos enfrentamos a problemas conceptuales inherentes al corpus doctrinal de la disciplina, más que a otros de índole metodológica y/o tecnológica. Con ello quiero decir que Thomas da prioridad a las crisis conceptuales frente a las de otra índole. Lógicamente, la severidad de una anomalía también se encuentra relacionada con el tiempo trascurrido desde que se detectó, obligando a parte de la comunidad científica a intentar dar cuenta de ella, es decir a eliminarla. Obviamente, la cantidad de anomalías serias detectadas, es otro factor a tener muy en cuenta en el surgimiento de una crisis.
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Si en una disciplina científica, que organiza su producción de conocimientos de acuerdo con un paradigma, las anomalías se acrecientan y comienzan a restarle confianza al mismo, si hay inseguridad y se comienzan a cuestionar los fundamentos, estamos ante una Crisis o Emergencia. Igualmente, se intentará defender el paradigma con nuevos argumentos, o se intentará restarle importancia a los hechos señalados por las anomalías, ya que por el momento, no hay otra alternativa mejor para utilizar como paradigma dentro de esa disciplina.