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Francisco Javier Muñiz en su juventud.
Cuando en 1826 estalló la Guerra del Brasil, fue nombrado médico y cirujano principal del Ejército, con el grado de teniente coronel. Tuvo a su cargo durante toda la campaña un importante servicio de hospitales y ambulancias, equipado con 32 carros cubiertos, y prestó especialmente servicios en la campaña que culminó en la batalla de Ituzaingó.
En 1828 regresó a Luján y fue el Administrador de la vacuna antivariólica en el partido de Luján. La aplicó a gran número de los pobladores de su jurisdicción, y salvó la vida de centenares de personas. En ese entonces, la vacuna se transmitía de brazo en brazo.
Durante el segundo gobierno de Juan Manuel de Rosas fue nombrado médico de Policía, para vigilar la sanidad de la población y de sus animales - no existían los veterinarios - y controlar el ejercicio de la medicina y sancionar el curanderismo. En 1836 combatió una epidemia de escarlatina. Sobre la base de esa experiencia, en 1844 publicó en el periódico La Gaceta de Buenos Aires su "Descripción y curación de la fiebre escarlatina"; fue editado más tarde en un folleto de ochenta páginas. También produjo trabajos sobre vacunas, sobre cirugía y medicina legal.
En 1844, la ciudad de Buenos Aires quedó desprovista de la vacuna antivariólica, debido al bloqueo anglofrancés. El gobernador Rosas pidió alguna solución a Muñiz. Éste se trasladó a Buenos Aires con una hija de pocos meses recién vacunada, con cuya linfa pudieron ser inoculadas varias personas, con lo que se pudo restablecer el circuito de vacunaciones en la ciudad.
Actividad como naturalista y paleontólogo