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Se educó en Lovedale College, y obtuvo su bachillerato en Mariannhill, una institución católica de Natal. En 1966 ingresó en la Universidad de Natal para estudiar medicina.
Participó en la Unión Nacional de Estudiantes de Sudáfrica (NUSAS) pero consideraba que esta se encontraba controlada por estudiantes blancos. Entonces en 1968 fundó la Asociación de Estudiantes Sudafricanos (SASO), de la que se convirtió en presidente. SASO fue una de las primeras organizaciones de la "Conciencia Negra" que emergió. Definió «lo negro» de manera diferente a como lo había hecho el Congreso Nacional Africano de Nelson Mandela (hasta alrededor de 1965) ya que incluía no solo a los africanos negros, sino también a todos los ciudadanos que el Estado del apartheid designaba como «no blancos» (las razas mezcladas, los mulatos y los indios).
Por estas actividades, un año más tarde (1969), Biko fue expulsado de la universidad. En 1972 fundó el Programa de la Comunidad Negra, en Durban, «para el desarrollo político y socioeconómico de los hermanos de la comunidad negra de Sudáfrica y estimular de esa manera las acciones positivas para la autoemancipación del inhumano sojuzgamiento del apartheid».
Entre los proyectos de este programa estaba la publicación de la Revista Negra, un esfuerzo por analizar las tendencias de las corrientes políticas, y de la cual Biko era el editor. En febrero de 1973 la Revista Negra fue cerrada y Biko quedó en arresto domiciliario. Se le prohibió participar en ninguna actividad de ninguna organización, y fue desterrado por cinco años a su ciudad natal, King William's Town.
Estos actos de violencia estatal sólo aumentaron la lucha emancipadora de Biko. Continuó trabajando en la sucursal de la Comunidad Negra de la King William's Town, y comenzó a estudiar Derecho, por correspondencia. En diciembre de 1975 sus prohibiciones aumentaron e incluso se le impidió trabajar en el programa comunal.
En 1975 fundó el Zimele Trust Fund (para ayudar a los presos políticos y sus familiares) y el Ginsberg Educational Trust (para ayudar a los estudiantes víctimas de la persecución racista).
En 1976 fue elegido Secretario General de esta organización. En el mismo año, la Convención del Pueblo Negro (BPC) efectuó su congreso en Durban a la que Biko no pudo concurrir. La BPC lo eligió presidente honorario.