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Históricamente se clasificaba a las bacterias desde su descubrimiento según su morfología. Posteriormente, ya en el s.XX se incluyó los aspectos bioquímicos y metabólicos. Para los años 1990 ya se disponía de catálogos nucleotídicos de ARNr 16S para más de 450 bacterias,1 por lo que la actual taxonomía bacteriana está muy influenciada por los estudios del ARNr.
A pesar de que existe una amplia base de datos sobre la filogenia molecular procariota, los resultados se integran al árbol de la vida solo parcialmente y se habla incluso del fracaso de tales esfuerzos.2 El principal factor que dificulta conocer la evolución y filogenia bacteriana es la transferencia genética horizontal, por lo que un árbol filogenético determinado dependerá del gen o genes escogidos, produciéndose resultados muy diversos, contradictorios y difíciles de interpretar. Aun así, algunos autores han ensayado teorías evolutivas que intentan explicar la naturaleza del ancestro común bacteriano y su evolución en grandes grupos filogenéticos.
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