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En 1598 se establecieron los jesuítas en Nueva Granada dedicando buena parte de sus esfuerzos a incorporar las vastas llanuras de Casanare, fundando pueblos en el piedemonte y controlando y aprovechando estratégicamente los yacimientos de sal existentes. Así explica un fenómeno de extraordinaria importancia como es la colonización de los llanos colombianos, que ocupan buena parte del país, tres investigadores colombianos . Los indígenas que habitaban la región de Casanare, al nordeste de Colombia, eran salivas, cusianas, caquetíos, tunebos y otros, que fueron sometidos para trabajar en las encomiendas de los conquistadores. Agustín Cadazzi, en el siglo XIX, decribió los llanos como una gran uniformidad, «en donde todo parece inmóvil... El aspecto de la tierra tan uniformemente nivelada ofrece, sin embargo, algunas pequeñas desigualdades, causadas por los médanos y bancos. »
Los llanos colombianos alcanzan una superficie de 150.000 km2 . Treinta años después de la llegada de los jesuítas, habían establecido ya varias fundaciones en las cabeceras de los ríos Cravo, Pauto y Casanare . Antes de que los españoles introdujeran en los llanos las reses que luego pacieron en número de miles, los indígenas vivían de la caza y de la pesca, además de una agricultura rudimentaria. Los autores de la obra que se cita abajo hablan de los «geófagos» o devoradores de tierra, «que han multiplicado sus hatos y han extendido los linderos de sus haciendas a costa de la miseria, del destierro y, aún, de la existencia física de comunidades campesinas e indígenas enteras».
El impacto ecológico fue enorme con la usurpación de tierras comunales e incluso acciones genocidas, que han continuado en época postcolonial, pues los dueños de la economía han tenido los mismos intereses que los antigios españoles, y esto no solo en los llanos sino en la cuenca del río Sinú, que desemboca en el Caribe. En los llanos colombianos, entre la cordillera andina, el río Aruca, el Orinoco y la región amazónica se producen con frecuencia desbordamientos de los ríos que inundan una gran superficie debido al escaso declive existente. En 1628, sin embargo, el arzobispo Julián de Cortázar, natural de Durango privó a los jesuitas las facultades que ejercían como doctrineros y tuvieron que abandonar sus misiones en Chita y Casanare, pero en 1669 la Real Audiencia volvió a autorizar a los jesuítas sus trabajos en las misiones e iniciaron el primer intento de integrar todo el Orinoco a sus reducciones. Labor imposible porque los indígenas de la vasta región vivían aislados en algunos casos, en contacto intermitente en otros, en contacto permanente o ya estaban integrados en la civilización española.
Cuando en 1767 fueron expulsados los jesuítas, se encomendaron sus misiones a los dominicos. La conversión de los llanos en praderas de gramíneas no fue fácil. Todo esto se hizo para poner en valor los llanos en favor de la agricultura, pero el coste fue enorme, particularmente al principio y cuando las guerras de independencia los ejércitos patriotas y realistas necesitaron los ganados para abastecerse. Este «mundo» fue desplazado por la colonización de los llanos a manos de esforzados jesuítas con los miles de indígenas y hacendados, cada uno a su interés.