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El nombre latino, Cryptogamae, deriva de las raíces griegas κρυπτός (kryptos) y γάμος (gamos), que significan respectivamente, 'escondido' y 'unión sexual'. Este nombre era usado desde Linneo para referirse a las plantas sin flores y por extensión aquellas cuyos aparatos de reproducción no eran visibles a simple vista, cuya mayor diferencia de las fanerógamas (Spermatophyta) es que éstas se propagan por semillas, habiéndose observado solo la propagación por esporas. En las semillas intervienen procesos y elementos similares a los de las esporas, pero las semillas son pluricelularesen tanto que las esporas son unicelulares, es por esta razón que se les llamó esporafitas.
Pelvetia canaliculata, alga.
Con el tiempo nuevas observaciones, a menudo con el auxilio necesario del microscopio, permitieron conocer en la mayoría de esos grupos la forma que adoptan la formación de gametos y la fecundación. Así la primera división de las esporafitas fue en: talofitas , briofitas y teridofitas . A partir de aquí la clasificación sufrió diferentes cambios con divisiones y reorganizaciones. durante este proceso se acuñó el término de criptogamista a los botánicos que se dedicaron especialmente al estudio de las criptógamas.