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Pueden asociarse a diferentes tipos de trastornos según la localización de la microbiota afectada. Por ejemplo, la gastroenteritis, la enfermedad de Crohn, algunos cánceres gastrointestinales pero también la depresión, la diabetes, algunas alergias o incluso enfermedades de la piel como el eccema, podrían estar asociados a desequilibrios de las microbiotas.
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