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Antes de ser sembradas algunas semillas requieren cierta preparación. Este tratamiento puede bien ser escarificación, estratificación, mojado de las semillas o lavado de las semillas con agua fría o tibia. Por lo general, el mojado de las semillas se realiza sumergiendo las semillas en agua tibia durante 24 a 48 horas.2 El lavado de las semillas es muy común en el caso de las frutas (ya que la carne que rodea la semilla puede ser rápidamente atacada por insectos o plagas.34 Para limpiar la semilla, por lo general se la frota con un trozo de género o papel, y a veces se procede al lavado de la semilla.5 Por lo general, el lavado de las semillas se realiza sumergiéndolas durante unos 20 minutos en agua a una temperatura de 50 °C.6 El agua tibia a caliente mata los microorganismos que pudieran haber sobrevivido en la superficie de la semilla. La limpieza con agua a alta temperatura es muy importante en semillas de frutas tropicales que pueden ser infectadas con facilidad, como por ejemplo lichis y rambután.
Además de los procesos de preparación indicados previamente, la germinación es favorecida si se utiliza tierra libre de enfermedades. Especialmente si se trata de producir la germinación de semillas particularmente difíciles (tales como algunas frutas tropicales), el tratamiento y preparación previo de la tierra (junto con el uso de tierra con los minerales y condiciones de acidez más adecuadas, tierra preparada u otro substrato apropiado) es sumamente importante.