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Son aquellos que se obtienen al estudiar la estructura de las células que forman a los organismos. Así, la presencia de cloroplastos y vacuolas son caracteres citológicos que permiten diferenciar las plantas de los animales.
Ejemplos: el número de segmentos corporales y el numero de patas o de antenas, son caracteres morfológicos que permiten diferenciar las clases de artrópodos en: insectos, crustáceos, arácnidos, diplópodos y quilópodos
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