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Los CILIOS presentan igual estructura que los Flagelos, es decir poseen 9 pares de Microtúbulos periféricos y 1 par central. Son apéndices muy cortos y numerosos. Se los encuentra en los Protozoos como Ciliados, entre ellos el Paramecio. La Diferencia con el Flagelo es que el Cilio realiza movimientos Cíclicos atrás y adelante coordinados entre numerosos cilios de la superficie celular. Su Función es realizar Movimientos rítmicos como si fueran Remos, para que la Célula pueda avanzar en el Agua.
Los FLAGELOS son apéndices con forma de látigo usado para el Movimiento presente en muchos organismos unicelulares y en unos pocos pluricelulares. La estructura del flagelo (al igual que la de los Cilios) es de forma Cilíndrica, de diámetro uniforme en toda su longitud, con una terminación redondeada, semiesférica, pero es más grueso y más largo al final. El Flagelo consta de 9 pares de dipletes de Microtúbulos Periféricos y 1 par central. Esta estructura 9+2 se denomina Axonema. Este núcleo se encuentra cubierto por la membrana plasmática, a fin de que el interior del flagelo sea accesible al citoplasma de la célula. En la base del flagelo se encuentra un Cuerpo basal, que es el centro de organización de microtúbulos. Los cuerpos basales son estructuralmente idénticos a los centriolos. La Función de los Flagelos es producir el Movimiento para que la Célula se desplace y también para la Captura del Alimento, como en el caso de las Euglenas. Son apéndices Largos y a veces se presentan de a 1 o de a 2. El flagelo realiza un movimiento Ondulatorio llamado Movimiento helicoidal que dirige a la célula a través del líquido o sustancia.
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