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La diversidad natural del bosque es considerada «maleza» y se destruye para favorecer la uniformidad. En el caso de la explotación forestal, por ejemplo, prima el criterio de conseguir al mínimo costo y en el menor tiempo posible la mayor cantidad de madera comercializable, lo que resulta mejor y más rentable, a corto y mediano plazo, con la uniformidad del monocultivo. 1
Al no diversificarse lo cultivado, puede haber una rápida dispersión de enfermedades y aparición de plagas; cuando el cultivo es uniforme, es más susceptible a elementos patógenos. Como contrapartida, también el control de enfermedades es más fácil de realizar.
Otra desventaja de la falta de diversidad de los cultivos (especialmente en áreas muy extensas) es que no se pueden sustentar a animales que antes habitaban ese sitio y estos no pueden alimentarse, encontrar abrigo o reproducirse. Por otro lado, algunos insectos encuentran alimento constante, pocos predadores y se reproducen intensamente, con lo cual se convierten en plagas. Y se hace necesaria la utilización de plaguicidas para reducir sus poblaciones. Estos plaguicidas tienen una acción rápida y uniforme, de fácil aplicación y relativa larga vida activa. Pero acarrean efectos inesperados como el resurgimiento de otras plagas, lo que produce un aumento en la necesidad del químico, que también genera una resistencia en la plaga y otros insectos, cambios en la flora de malezas, toxicidad de los organismos vivientes y contaminación al medioambiente. Esto también ocurre con los fungicidas.2
El suelo sufre un desgaste de los nutrientes y a la larga tendencia hacia la erosión. Esto se debe a que en muchos cultivos se retira la planta completa, y así se interrumpe el proceso natural de reciclaje del suelo. El suelo se empobrece y pierde productividad por lo cual es necesario la adición de fertilizantes.
No se puede cultivar en tierras con relieve irregular que requiera del empleo de parcelas de pequeño tamaño.
Los monocultivos suelen ser muy vulnerables, tanto a los problemas físicos como históricos por lo que en muchas ocasiones, conviene llegar a una especie de diversificación controlada de los cultivos
En caso de sequía en el producto sembrado, se incurre en grandes pérdidas potenciales, haciendo que los agricultores carezcan de más productos para vender.