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La clasificación taxonómica moderna nació cuando Linneo publicó su Systema Naturae combinando la nomenclatura binomial, que había sido sugerida por Gaspard Bauhine mucho tiempo antes (en "Pinax", 1623) con una jerarquía de tres reinos (mineral, vegetal y animal) estructurados en diferentes categorías
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Aristóteles fue uno de los pioneros de la Taxonomía clásica. Su burda clasificación en animales con sangre roja y sin sangre (invertebrados), con posteriores subdivisiones por tamaño y características (cuadrúpedos vivíparos, aves, cuadrúpedos ovíparos: reptiles y anfibios, peces y cetáceos por un lado y artrópodos terrestres, artrópodos acuáticos, animales con concha, animales blandos y animales-planta por otro), mantuvo su predominio casi 2000 años.
La clasificación taxonómica moderna nació cuando Linneo publicó su Systema Naturae combinando la nomenclatura binomial, que había sido sugerida por Gaspard Bauhine mucho tiempo antes (en "Pinax", 1623) con una jerarquía de tres reinos (mineral, vegetal y animal) estructurados en diferentes categorías: clases, órdenes, familias, géneros y especies. Hasta entonces, estaba extendida la nomenclatura de género complementado por atributos de la especie, y era común referirse a los distintos géneros o etapas con diferentes nombres. Linneo racionalizó los nombres, los unificó independientemente del género y fase del animal y los redujo a género y especie, habitualmente un atributo distintivo del animal. La primera edición de su "Systema Naturae" constaba únicamente de 11 páginas, que fue incrementando edición tras edición, hasta las 3000 de la decimotercera, publicada en 1770. A lo largo de este periodo reclasificó y añadió gran cantidad de especies. Hay quien considera la publicación de la X edición de Systema Naturae, en 1758, como el hito que da inicio a la Taxonomía moderna.
Pero la clasificación de Linneo era puramente física, sin mucho más fundamento. Lamarck, a principios del s. XIX, mejoró en gran medida la clasificación simplista de los invertebrados de Linneo, y planteó una teoría evolutiva. En el "Origen de las Especies", Charles Darwin defendió que la clasificación taxonómica, que con el tiempo se había ido constituyendo, había tenido como razón de ser la descendencia de unos seres vivos de otros, la genealogía, y que ese era el nexo de unión que los naturalistas habían estado buscando y a menudo utilizando inconscientemente a la hora de agrupar y clasificar los seres vivos. Esta idea es la que perdura en la actualidad y, gracias a la capacidad actual de leer el ADN de las distintas criaturas, se está revolucionando la ciencia taxonómica, o Sistemática, convirtiéndose en lo que se conoce como Sistemática filogenética.