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Consejo de Indias
Gobernada América por orden Real, resolvía los asuntos de las Indias desde España. Sus actuaciones en nombre del rey eran ejecutivas, legislativas y judiciales; se encargaba de la rendición de cuentas de funcionarios, inspecciones a Capitanías Generales o Virreinatos, elaboraba documentos normativos como cédulas y ordenanzas, solucionar conflictos entre organismos de gobierno y formulaba también leyes.
Las Audiencias
Eran el Supremo Tribunal de Justicia, se encontraban en las principales ciudades y estaban conformados por 4 magistrados. Podían actuar como tribunales de primera instancia o de apelaciones, y sobre éstas solo estaba en Consejo de Indias. Trataban temas relativos a la protección del interés social, como conflictos de intereses con los indios, delitos eclesiásticos que estaban en el código civil, casos contra los intereses de la corona y funcionarios.
Los Cabildos
Cada vez que se fundaba una ciudad se creaba un cabildo, eran la imitación de los municipios españoles y eran la principal institución urbana, dedicada a gobernar las ciudades y representar a la comunidad. La elección de los gobernadores o lugartenientes dependía o del Rey o de la comunidad, dependía de la importancia de la ciudad. Se encargaban de la administración, ejecución de las órdenes del Virrey, la seguridad y el orden público.
Casa de Contratación de Sevilla
Fue creada para controlar el comercio con las Indias, ya que al ser mercado reservado de Castillas no había posibilidad de comercializar con las colonias sin pasar primero por la Casa de Contratación, la cual cobraba el 20% en impuestos y solicitaba información para construcción cartográfica, del idioma, etnias y naturaleza.