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Los equinodermos juegan muchos roles ecológicos. Los dólares de arena y los pepinos de mar se entierran en la arena, produciendo más oxígeno en las grandes profundidades del fondo marino. Esto permite que más organismos vivan allí. Además, las estrellas de mar evitan el crecimiento de las algas en los arrecifes de coral lo cual ayuda a los corales a filtrar más fácilmente. Muchos pepinos de mar son el hábitat de parásitos como cangrejos, gusanos y caracoles.
Los equinodermos también son importantes en la cadena alimentaria oceánica y en la dieta básica de muchos animales, incluida la nutrición marina. Por otro lado, los equinodermos se alimentan de algas marinas y controlan su crecimiento. Recuerda que el erizo de mar es un herbívoro, al alimentarse principalmente de algas en los corales y rocas. Normalmente, algunos ecosistemas marinos han sido invadidos por algas marinas. Este exceso puede destruir arrecifes completos. Los científicos creen que la extinción de grandes cantidades de equinodermos ha tenido esta destrucción .
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