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La activación de este mecanismo puede darse por varias vías, según las moléculas del sistema implicadas y la clase de elementos que son reconocidos (lípidos o proteínas, anticuerpos unidos al patógeno, etc.). No obstante, todas ellas convergen en un mismo punto y sus funciones son comunes: promueven la inflamación y estimulan la fagocitosis del microorganismo o crean un poro que desestabiliza y rompe la membrana microbiana (lisis celular).
Aunque en un principio se pensaba que el sistema del complemento actuaba únicamente durante la inmunidad innata, estudios recientes demuestran que también ejerce un papel importante durante la respuesta adaptativa, en la que están involucrados los linfocitos T y B . Además, en los últimos años se le han asociado otras funciones, distintas a las relacionadas con la inflamación, como la regeneración del tejido, el desarrollo de tumores, etc. De hecho, hay evidencias que revelan que disfunciones en el Sistema del Complemento podrían desencadenar una gran variedad de patologías.
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