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Los microorganismos pueden ser de los siguientes tipos:
Virus. Son sistemas biológicos más simples y ultramicroscópicos conocidos, apenas visibles con microscopio electrónico. No se sabe demasiado de su evolución y existen debates respecto a si son realmente seres vivos. Su reproducción consiste en infectar otros organismos unicelulares (o células de uno pluricelular) e inocularle su contenido genético (ARN o ADN, nunca ambos), para que en vez de reproducirse a sí misma la célula construya nuevas réplicas del virus.
Bacterias y arqueas. Estos dos tipos de seres vivos unicelulares y procariotas (que no poseen núcleo genético) son los seres vivos microscópicos más simples y abundantes del planeta. Se reproducen mediante la división de su material genético y se alimentan del medio ambiente circundante, ya sea de manera autótrofa (quimiosíntesis) o parasitaria.
Algas cianoficeas. Llamadas cianobacterias, son un tipo de bacteria que realiza fotosíntesis oxigénica, muy al estilo de las plantas. Son mucho más grandes que las bacterias ordinarias.
Protistas. Los protistas o protozooarios son organismos unicelulares eucariotas, de mucho mayor tamaño: pueden llegar a alcanzar 1mm. Suelen vivir en ambientes húmedos o acuáticos, aunque muchos también tienen vidas parasitarias, dentro de seres complejos como el humano. Suelen ser depredadores de otros microbios o detritófagos (se alimentan de desecho).
Hongos. En el reino fungi muchas variedades son microscópicas, como las levaduras, capaces de producir enfermedades infecciosas. Son también eucariotas.
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