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Un microorganismo, también llamado 'microbio' (del griego científico μικρόβιος [microbios]; de μικρός [micrós], "pequeño", y βίος [bíos], ‘vida’;[1] ser vivo diminuto), es un ser vivo, o un sistema biológico, que solo puede visualizarse con el microscopio. Son organismos dotados de individualidad (unicelulares) que presentan, a diferencia de las plantas y los animales superiores, una organización biológica elemental. La disciplina científica que estudia los microorganismos es la Microbiología.
El concepto de microorganismo es operativo y carece de cualquier implicación taxonómica o filogenética, dado que engloba organismos unicelulares heterogéneos, no relacionados evolutivamente entre sí, tales como bacterias (procariotas), protozoos (eucariotas, algunos filum de algas) y hongos unicelulares. Incluye también entidades biológicas acelulares de tamaño ultramicroscópico (visibles con microscopio electrónico) como virus y priones, que también se incluyen en el campo de estudio de la Microbiología.