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La teoría autógena postula que en el proceso del origen de la célula eucariota, los orgánulos rodeados por membrana pudieron surgir a partir de invaginaciones de la membrana plasmática que tomaron funciones independientes.
a teoría endosimbiótica postula que algunos orgánulos propios de las células eucariotas, especialmente plastos y mitocondrias, habrían tenido su origen en organismos procariotas que después de ser englobados por otro microorganismo habrían establecido una relación endosimbiótica con éste
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La teoría Autógena sostiene que los Orgánulos Eucarióticos rodeados por Membranas Biológicas pudieron surgir a partir de "Invaginaciones de la Membrana Plasmática" que tomaron funciones independientes como Organelos Subcelulares. De acuerdo con esta teoría la Membrana nuclear o Carioteca, el Retículo Endoplásmico Rugoso, Liso, el aparato de Golgi y los Orgánulos rodeados por membranas sencillas (como los lisosomas) evolucionaron de este modo. Estos orgánulos se conocen a veces como el sistema de endomembranas. La Teoría Autógena sostiene que la propia célula originó por invaginación de la membrana plasmática los organelos membranosos que hay en ella.
En cambio, la Teoría Endosimbiótica sostiene que una célula Huésped incorporó una Bacteria Autótrofa y una bacteria Heterótrofa que por evolución biológica quedaron incorporadas en las mismas como Cloroplastos y Mitocondrias, 2 organelos membranosos fundamentales en células eucariontes.
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