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Primer lugar, el aparato digestivo comienza con el pico y la boca, lugar donde no se produce ninguna masticación, y el alimento es tragado entero. Este pasa luego por el esófago, el cual es bastante muscular y en algunos grupos como los granívoros presenta un ensanchamiento denominado buche, el cual sirve como almacenamiento de alimento. El estómago de las aves es glandular, donde la acción de las enzimas gástricas ayuda a la degradación de los alimentos ingeridos, para que sean aptos para su asimilación. Muchas aves ingieren pequeñas piedrecillas que se sitúan en el estómago muscular llamado molleja, estas piedrecillas se denominan "grit", y tienen como función ayudar al proceso de molienda. A continuación el alimento pasa al intestino, el cual es bastante diferente al de los mamíferos. Sin embargo, es posible diferenciar claramente un intestino medio, denominadoduodeno, donde desembocan los productos del hígado y del páncreas. A continuación está el intestino delgado, donde se produce la asimilación de las sustancias alimenticias al organismo y un intestino terminal, el cual en aves de régimen vegetariano se divide en dos ciegos. Los desechos del proceso digestivo se eliminan por la cloaca, lugar donde convergen además los conductos del sistema reproductor y urinario.
El sistema de excresión está adaptado para la vida aerea. Se presentan dos riñones, los cuales excretan ácido urico, el cual se puede concentrar más, por lo que no es necesario diluir la orina con agua, disminuyendo así el peso del ave. Los picaflores o colibrís secretan algo de urea, ya que ingieren una alta cantidad de agua, debido a su dieta nectarívora.
En aves marinas (Procellariiformes), por sobre el pico, se presenta la glándula de la sal, la cual concentra las sales que vienen en la dieta, y las elimina por una "lágrima", manteniendo así el equilibrio osmótico. Las rapaces (Falconiformes), con algunas excepciones, también presentan esta adaptación, pero no se sabe bien si es igual a la de las aves marinas.