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Mendel no se conformó con estos estudios y experimentó con cruzamientos que consideraban dos características simultáneamente (conocido como "dihibridismo"). Cruzó estas estirpes, dos a dos, mediante la técnica de "polinización" artificial. De este modo era posible combinar, de dos en dos, variedades distintas que presentan diferencias muy precisas entre sí (semillas lisas-semillas arrugadas; flores blancas-flores coloreadas, etc.). El análisis de los resultados obtenidos permitió a Mendel concluir que mediante el cruzamiento de variedades que difieren al menos en dos caracteres, y que pueden crearse nuevas variedades estables. Mendel fue el primero en postular de que se trataban de unidades discretas que se transmitían, enteras e independientes, de una generación a la siguiente.