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La morfología de las bacterias ha sido un gran tema de discusión e investigación en la comunidad científica. La mayoría de las especies de bacterias son o esféricas (las llamadas cocos) o en forma de barra (llamadas bacilos). La elongación está relacionada con su capacidad de nadar.
Hay otras formas de bacterias, como por ejemplo algunas en forma de barra son más bien curvadas, o algunas otras pueden tener forma de espiral o también enrolladas. La morfología de algunas otras especies pueden llegar a ser cuboidal o tetraédrica.
Todos estos tipos diferentes de formas de bacterias son determinadas por sus muros celulares y sus citoesqueletos, y sus formas son tan importantes que determinan su capacidad de sobrevivir y conseguir nutrientes.
Por otro lado, hay especies de bacterias que viven como células simples, mientras que otras se juntan: ya sea en pares, cadenas o hasta agrupadas en forma de racimos. Las bacterias también pueden estirarse para poder formar filamentos: este tipo de bacterias generalmente se encuentran rodeadas por unas especies de cubiertas que contienen muchas células.
La morfología de las bacterias también se ve afectada por la forma en la que se pegan en superficies y forman pequeñas colonias llamadas esteras bacterianas, las cuales varían entre algunos micrómetros de ancho hasta medio metro de profundidad.