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Por estas fechas nadie creía en la comunidad científica europea en la posibilidad de un origen africano del ser humano, a pesar de que había sido sugerido por Charles Darwin en su libro El origen del hombre. Junto con su esposa, Mary Leakey, excavaron varios yacimientos en Kenia y Tanzania, pero luego se centraron en su yacimiento favorito de Olduvai. En 1931 descubrieron hachas de mano labradas de un millón de años de antigüedad, pero el primer fósil homínido tardaría en descubrirse casi treinta años más, pues los Leakey sólo podían visitar ocasionalmente Olduvai, por falta de recursos.
A mediados de los años 1950 habían reunido una impresionante colección de fósiles de animales y de utensilios de piedra, pero todavía ningún homínido. En 1959, durante la expedición anual a Olduvai, Louis se quedó en el campamento por no encontrarse bien, y fue Mary la que descubrió el cráneo de homínido (OH-5) que Louis publicó posteriormente como Zinjanthropus boisei (más tarde adscrito al género Paranthropus), en honor de Charles Boise, mecenas de los Leakey. El cráneo se dató en 1.750.000 años.
En 1961, Louis descubrió un ejemplar fósil de Homo habilis, de unos 2 millones de años y mayor capacidad craneal que Australopithecus. En 1967 encontró restos de otro homínido, Kenyapithecus africanus. Posteriormente trabajó en excavaciones que demostrarían la existencia de humanos en California hace más de 14.000 años (12.000 a. C.).
En 1972, Louis murió de un infarto, pero la actividad investigadora de la familia prosiguió en las personas de su esposa Mary y de sus hijos Richard Leakey, y Philip Leakey. Fue el maestro de Dian Fossey, Jane Goodall y Biruté Galdikas.
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homo habilis
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