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La Reserva Biológica Limoncocha está ubicada en el cantón Shushufindi de la provincia de Sucumbíos, en la región amazónica norte del Ecuador. Abarca 4.613 ha.
Se encuentra en el Corredor Sacha–Shushufindi, y se compone principalmente por la Laguna de Limoncocha (antiguamente llamada Capucuy), las zonas aledañas y la Laguna Negra, también conocida como Yanacocha. El 100% del área corresponde a un Humedal, declarado sitio Ramsar por la UNESCO en el año 1998. La Laguna Negra y los ríos Jivino y Capucuy, conforman el núcleo de este humedal y también la zona intangible y prístina de la Reserva.
Se cree que las áreas que ocupan las lagunas Limoncocha, Yanacocha y humedales adyacentes son antiguos meandros del Río Napo el que arrastra grandes cantidades de sedimentos provenientes de las estribaciones occidentales de los andes. La laguna de Limoncocha está interconectada con el río Napo y su nivel es estival y dependiente de las lluvias en la cuencas de los ríos Payamino, Napo y Coca.