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La encomienda fue importante en el centro de la Nueva España, pero no existió para los indios que habitaban las ciudades, en los puertos o los reales de minas como Guanajuato o Zacatecas. Tampoco hubo encomiendas en las misiones del norte. La encomienda subsistió de hecho o de derecho en regiones de frontera. En la Capitanía General de Yucatán se mantuvo por la inseguridad del dominio español, así como el prestigio y el ingreso que proporcionaba a los encomenderos. Sólo desapareció enteramente por una real cédula de 4 de diciembre de 1786.
En la Nueva Vizcaya las encomiendas se concedieron por los gobernadores para "reducir" a los indios no cristianos, que eran traídos por la fuerza para residir en las haciendas y propiedades de los españoles. No se hicieron más concesiones a partir de 1670.
En el Nuevo Reino de León los gobernadores daban licencias para realizar “mariscadas” en que se traía por la fuerza a los indios, en forma similar a la Nueva Vizcaya. Se les llamaba encomiendas, aunque no lo eran en los términos previstos por las leyes para esta institución. En 1698 la Corona las prohibió. En la práctica pervivió la antigua situación, ahora con el nombre de ·congregas.
En Filipinas, la encomienda se estableció formalmente en 1568, y pervivió hasta el siglo XVIII, por concesiones particulares, aunque para esa época ya eran pocas, y estaban sobre todo en manos de instituciones religiosas. En 1721 se prohibió la reasignación de las encomiendas vacantes.
En Nuevo México el gobernador Juan de Oñate distribuyó encomiendas entre sus hombres, cuyo beneficio consistía en tributo en especie. Después de la rebelión de los llamados indios "pueblo" de 1680-1692, la encomienda fue descartada como institución.