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Muchos protozoos son capaces de moverse, lo que les permite relacionarse con el medio que los rodea. Pueden, por ejemplo, alejarse de la luz o capturar su alimento. Según sea su forma de desplazarse, reciben nombres distintos.
Algunos protozoos tienen unos pequeños pelos móviles en su superficie llamados cilios. Cuando los cilios se mueven, el protozoo puede desplazarse de un lado a otro. Estos protozoos se llaman ciliados.
Otros solo tienen algún pelo muy grueso, que se llama flagelo, algo parecido a una cola o a un látigo, que les impulsa para moverse. Estos protozoos se llaman flagelados.
Imagínate ahora que te mueves arrastrándote por el suelo. Estiras una pierna y la vuelves a encoger, o sacas el codo para impulsarte y lo pegas otra vez al cuerpo. Pues algunos protozoos realizan un movimiento parecido. El cuerpo de la célula, el citoplasma, forma prolongaciones que aparecen y desaparecen continuamente, como si se estiraran y luego se encogieran. Estas prolongaciones se llaman seudópodos (falsos pies) y permiten que los protozoos se desplacen. Este tipo de movimiento se llama ameboide, y los protozoos que lo realizan se conocen como ameboides.