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Otro tipo de arrecifes no menos importantes que los coralinos son los arrecifes rocosos, formados por bloques de roca de diferentes tamaños distribuidos en el fondo que sirven de sustrato a una infinidad de algas e invertebrados así como refugio de peces, estos se encuentran en el norte del Golfo de California y en sus islas y en las costas de Sonora y Sinaloa.
Los arrecifes rocosos del Norte del Golfo de California, en el Estado de Sonora, forman un ecosistema submarino. Estudios sobre corrientes, genética de poblaciones, dispersión larval y reclutamiento de juveniles están aportando evidencia importante para entender la conectividad de estos hábitats. Estos arrecifes funcionan como sitios de dispersión de larvas y nuevos estudios están aportando evidencia importante para entender la importancia de los mismos como sitios de crianza, refugio, alimentación y reproducción de muchas especies de invertebrados bentónicos, peces entre otros. Estos arrecifes aportan importantes servicios ecológicos y económicos a la región, pues son sitios de reclutamiento de especies con estatus de protección y/o importancia para la pesca comercial (i.e. flota mayor, ribereña y pesca deportiva) (e.g. callo de escarlopa Spondylus calcifer, caracol negro Hexaples nigritus, callo de hacha Pinna rugosa, callo de árbol Pteria sterna, pepino de mar Isostichopus fuscus, caracol de uña Strombus galeatus y varias especies de peces depredadores tope de arrecifes). Se presenta el análisis de índices ecológicos, distribución y densidad de los invertebrados marinos de 13 arrecifes rocosos en la costa de Sonora, evaluados mediante transectos submarinos realizados en 2007 bajo la metodología de PISCO.