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La diferencia está particularmente en los niveles de organización de la materia.
Las partículas, generalmente más pequeñas que un átomo, componen estos últimos, ejemplos: protón, electrón, neutrón. También se hablan de partículas emitidas como fotones.
Las moléculas son asociaciones de átomos, ya sea de un mismo elemento o de diferentes elementos, ejemplos: hidrógeno molecular, agua, metano, dioxido de carbono, etc.
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