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Esta estimación del investigador Gerardo Ceballos, publicada en 1993, es una muestra de la riqueza natural de la selva chiapaneca, en donde se registra el 15 por ciento de las plantas del país, 500 especies de mariposas diurnas, el 27 por ciento de los mamíferos y 30 por ciento de las aves de todo México.
Su valor para la conservación es alto, sobre todo por su integridad biológica funcional que incluye un sistema hidrológico que representa poco más de la mitad de la cuenca del Río Usumacinta —junto con el Grijalva forman la región hidrológica de mayor extensión en México y el séptimo más grande del mundo— y su potencial como reservorio de carbono.
También lo es por su riqueza natural y su función como corredor biológico —se conecta con la reserva Maya de Guatemala y la Península de Yucatán—, así como por fenómenos naturales extraordinarios: las selvas más altas de México, especies compartidas sólo con Sudamérica o la única localidad actual con grandes poblaciones de guacamaya roja y águila arpía.
En la Selva Lacandona vive fauna considerada como rara, endémica, amenazada o en peligro de extinción, tales como el tapir, la nutria de río, el jaguar, el mono araña, el cocodrilo de río y la tortuga blanca, entre otras.