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Arrecifes de coral
Son ecosistemas submarinos cercanos a la costa y de baja profundidad. Son ecosistemas muy bellos, coloridos y el hábitat de muchas especies que buscan protección y alimentos. Solo en México se encuentran hasta un 10% de las especies de corales del mundo. Se concentran sobre todo en el Golfo de México y Mar del Caribe (formando el Arrecife Mesoamericano: la segunda barrera de arrecifes más grande del mundo).
Están amenazados por la contaminación, el encallamiento de barcos, el turismo descontrolado, la extracción de corales o la construcción de muelles.
Bosques de algas gigantes
Se extiende por la Baja California, el Mar Caribe o el Golfo de México. Son el hábitat de gran número de especies y algas que alcanzan hasta 30 metros de altura. También albergan lobos marinos, elefantes marinos, cangrejos, peces o caracoles. Además, son barrera protectora de las zonas costeras, son purificadores del agua y mantienen el equilibrio natural de la zona.