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Combatió en diversas campañas hasta que Bolívar le ascendió a general y jefe del Estado Mayor de su ejército (1817); y siguió colaborando con él hasta la independencia de la Gran Colombia (actuales Colombia, Venezuela, Panamá y Ecuador) en 1819.
Santander fue nombrado vicepresidente del país por el departamento de Cundinamarca (nombre que tomó Nueva Granada, actual Colombia), y se encargó del gobierno mientras Bolívar estaba ausente luchando contra los españoles. Su poder fue confirmado al establecerse un régimen político unitario en 1821, pasando Santander a ejercer la vicepresidencia de la Gran Colombia.
Desde entonces entró en conflicto con José Antonio Páez, portavoz de las aspiraciones independentistas de Venezuela, que consiguió restablecer un sistema federal y apartar a Santander de la vicepresidencia en 1828. También se enfrentó a Simón Bolívar, organizando una conspiración fracasada contra sus inclinaciones autoritarias (1828); fue juzgado y desterrado.