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Un microtomo (del griego mikros, que significa "pequeño", y tomo, que significa "parte" o "división") es un instrumento de corte que permite obtener rebanadas muy finas de material, conocidas como secciones. Los microtomos son un instrumento importante de la microscopía porque permiten la preparación de muestras para su observación en el microscopio óptico o en el electrónico de transmisión. Los microtomos utilizan cuchillas de acero, vidrio o diamante, dependiendo del tipo de muestra que se esté cortado en lonjas y del grosor deseado de las secciones del corte.
Las cuchillas de acero se utilizan para preparar secciones de tejidos blandos animales o vegetales para estudios en el contexto de la histología o de la industria como corcho, madera balsa y otros como arcillas húmedas, gelatinas densas, poliestireno expandido para microscopía de luz.
Las cuchillas de vidrio se utilizan para preparar secciones para microscopía de luz y para cortar secciones muy delgadas para microscopía electrónica. Existe una máquina especial para cortar las cuchillas de vidrio y estas tengan el tamaño, grosor y filo para poder realizar los cortes ya que son muy delicados. Las cuchillas de diamante (de grado industrial) son utilizadas para cortar materiales duros como el hueso, los dientes y materia vegetal como, maderas duras, etc, tanto para microscopía de luz como para microscopía electrónica.
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