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Durante el siglo XIX, la producción historiográfica estuvo altamente determinada por las corrientes ideológicas que primaban en la época, así como por el ethos fundacional de lo nacional. Como señala Cristián Gazmuri en La historiografía chilena, el siglo XIX se caracterizó por producir una historiografía política, militar e institucional de muy buen nivel, pero de horizonte aristocrático, con limitadas y ocasionales incursiones en el análisis de los problemas sociales, económicos y culturales.
La primera gran obra sobre Historia de Chile producida después de la independencia, fue encargada por el gobierno al naturalista Claudio Gay, quien a partir de 1844 comenzó a publicar en París su Historia Física y Política de Chile.
A mediados del siglo XIX, la polémica protagonizada por Andrés Bello y Jacinto Chacón tuvo gran influencia en la historiografía decimonónica. Mientras el segundo se inclinaba hacia una reflexión sobre una "filosofía de la historia" que permitiera hacer inteligible el decurso de la humanidad, Bello proponía una historiografía positivista basada en documentos, hechos y narraciones objetivas, la que finalmente predominaría durante la segunda mitad del siglo XIX. Bajo su égida, la investigación histórica alcanzó un alto grado de documentación y erudición, destacándose historiadores como Diego Barros Arana, quien sentó los cimientos de la historia nacional al publicar entre 1884 y 1902 su Historia General de Chile, en dieciséis volúmenes. Junto a él, los hermanos Miguel Luis y Gregorio Víctor Amunátegui representan la máxima expresión de la historiografía positivista del siglo XIX al realizar una exposición de los hechos, especialmente políticos y militares, con un amplio bagaje documental y, aparentemente, con el menor grado de interpretación personal posible.
Por su parte, las obras de Benjamín Vicuña Mackenna denotan el surgimiento de la interpretación y el rol de la subjetividad, hasta entonces vedados por el positivismo, destacándose por tener un estilo entretenido y vehemente. En esta línea, abordó una gran variedad de temas como la historia política, urbana, empresarial, de la salud, de las costumbres y del clima, por nombrar algunos.
Con todo, la historiografía de Barros Arana, Vicuña Mackenna y los hermanos Amunátegui ha sido considerada liberal por la perspectiva que entrega del pasado nacional y la elección, tanto temática como documental, de sus investigaciones. En parte como respuesta, surgió la historiografía conservadora, cuyos máximos exponentes fueron Ramón Sotomayor Valdés y Alberto Edwards, quienes expresaron su admiración por la herencia hispano colonial, los gobiernos fuertes, la jerarquía y el orden. Esto se tradujo en una admiración por la obra de Diego Portales como político y estratega, caracterizada genialmente en el libro La fronda aristocrática de Alberto Edwards, quien incorpora al análisis histórico la intuición, la interpretación y nuevas metodologías historiográficas.
Finalmente, cabe señalar a José Toribio Medina quien, con dotes de erudición, sobresale en la persecución y obtención del documento o libro extraño, difícil de conseguir.
Durante este período, los historiadores se dieron a la tarea de reunir numerosas fuentes históricas que, para la época, se refería principalmente a documentos emanados de una entidad gubernamental, como causas judiciales, procesos notariales, entre otros. Eran documentos "oficiales" que eran considerados más objetivos que los emanados de un sujeto particular. Tras recorrer diversas bibliotecas europeas en búsqueda de documentos y libros raros, este esfuerzo se vio plasmado en la publicación de diversos textos y colecciones documentales, como por ejemplo el manuscrito de Diego de Rosales, Historia general del reino de Chile: Flandes Indiano, publicado por Vicuña Mackenna varios siglos después, y la monumental Colección de Historiadores y de documentos relativos a la historia nacional. Cristián Gazmuri señala que los historiadores decimonónicos reunieron la mayor parte de las fuentes para "hacer la historia de Chile", siendo fundamental para las aproximaciones al análisis histórico de muchos historiadores.